根据上述职责，市商务局内设10个职能科室。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案、信息、宣传、信访、人事、财务等政务性工作；负责局机关及局属单位相关的事务性工作；负责组织商务领域和对外开放的法律、法规和政策的研究、宣传工作；承担局机关有关规范性文件的合法性审核和上报备案工作；承办相关行政复议和行政应诉工作；负责推进依法行政及相关法律事务工作。
（二）综合科
承担市开放办的日常工作。研究提出商务领域的发展中长期规划和对策建议；承担有关信息收集、发布工作；提出年度工作预期目标，并负责跟踪研究；综合分析商务运行状况和发展趋势；研究商务运行和结构调整中的重大问题，提出相应措施和意见；承担反垄断相关工作。负责牵头组织和落实以市政府名义举办的境内外投资促进活动及相关工作；负责区域经济合作及友好城市交往的组织、指导、协调、服务；负责协调、支持井开区和各县（市、区）工业园区的有关工作；负责对口支援规划和组织实施工作；负责外商投资企业协会、外省驻吉商会、驻吉办事机构和我市驻外商会、驻外办事机构相关协调服务工作。负责局属企业改制善后以及国有资产监管和清产核资工作。
（三）市场发展科
拟订规范市场体系的政策规定及全市大宗产品批发市场规划、城市商业网点发展规划和有关政策并组织实施，推进商品流通市场的标准化建设；指导县（市、区）商品市场、社区商业网点规划，加强农产品市场、冷链物流等基础设施建设，推进农超对接、农村市场和农产品流通体系建设；推进社区标准化菜市场建设改造和社区商业建设，规范城市大型商业项目和流通领域基础设施建设；按有关规定对汽车流通行业进行监督管理；指导推动商务领域信用建设，实施商务信用分类监管；参与组织打击制售假冒伪劣商品、侵犯知识产权、商业欺诈、市场垄断和地区封锁等行为。
（四）商贸管理科（市茧丝绸协调办公室）
拟订本市商贸流通的发展战略、行业规划并组织实施；承担批发、零售、餐饮、住宿等商贸服务业的行业管理；按规定对有关商品流通、有关行业的商务活动进行监督管理；推动流通体制改革，促直现代流通方式发展；统筹商务领域消费促进和市产品销售促进工作；指导社区商业和商品会展业发展及流通领域节能降耗、再生资源回收工作；承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制、重要消费品（肉类、食糖等）储备管理和市场调控的有关工作，提出使用副食品风险调节基金和商贸发展资金的意见及管理；牵头负责市场商品运行统计工作和监测体系，负责监测分析市场运行和重要商品供求状况、商品价格信息、市场预测预警和信息引导等工作。
（五）对外贸易管理科
拟订本市加工贸易、服务贸易、技术贸易和机电产品进出口、高新技术产品进出口、成套设备出口等发展规划并组织实施；承担重要工业品、原材料和重要农产品进出口总量计划的组织实施、技术进出口管理、服务贸易促进、服务贸易统计等有关工作；负责进出口企业经营资格备案、出口加工区的指导协调和审核转报等工作；负责涉及世贸组织规则及其他进出口公平贸易相关工作和执行国家出口管制政策；承担产业损害调查、进出口公平贸易和产业损害预警机制工作；指导协调进出口机电产品招标、开展产业竞争力调查、产业安全应对与效果评估、外贸促进体系、科技兴贸创新基地建设等工作；承担外经贸发展专项资金相关项目的组织申报工作。
（六）服务贸易科
拟订全市电子商务发展战略、规划、政策，并组织实施；指导电子商务交易、网络零售、电子商务服务业等业态发展及工商企业电子商务应用，牵头做好相关监督管理；重点推进电子商务园区、基地和企业、中小电子商务企业发展开展电子商务行业统计、监测和分析；贯彻执行国家电子商务相关标准和规范等职责，推动电子商务国际国内合作；牵头负责服务贸易工作，负责全市服务贸易促进工作；指导有关行业和地方服务贸易进出口工作及服务贸易促进体系和、务贸易出口品牌建设；推动服务贸易公共平台建设，组织相关促进活动；协调推进重点服务贸易领域出口；规范服务贸易经营秩序，指导服务贸易标准化体系建设；指导、管理和规范国内会展。会同有关部门拟订并组织实施促进服务外包发展的规划、政策；负责全市服务外包业务信息管理工作；指导服务外包人才培训；推动服务外包平台建设。
（七）外资管理科（行政服务科、市外商投诉协调办公室）
贯彻执行有关利用外资的法律、法规、规章，会同有关方面拟订促进服务外包发展的规划、政策，并组织实施；推动服务外包平台建设；研究外商投资情况并上报动态和建设；依法对外商投资企业执行有关问题；指导外商设立企业及变更事项的申报工作；指导市内国家级经济技术开发区的有关工作；受理、协调、督办外商投资企业投诉案件；提供投资政策咨询和协调服务；负责本局外事活动；负责本局权限内的内外资行政审批工作（驻市行政服务中心）。
（八）投资促进科
拟订利用市外资金发展中长期规划、相关政策并组织实施；研究利用市外资金的产业政策和改善投资环境的措施并组织实施；负责全市重点产业招商的日常工作；负责央企入吉的对接工作；负责利用市外资金投资数据的审核、统计；对市外资金投资的现状、运行情况、发展趋势研究分析，及时上报其投资动态并提出相关建议；负责全市招商引资政策和招商引资项目的收集、整理和编印工作；负责外市投资者的接待、洽谈、考察等组织工作；建立健全市外来吉投资企业的投诉、协调和督办工作制度，指导和监督全市外投资企业的投诉、协调工作；建立和健全市外投资企业档案；负责为市外来吉投资企业提供投资政策咨询和协调服务。
（九）对外投资和经济合作科
拟订和组织实施对外经济合作、对外投资规划及相关政策；拟定市内公民出境就业管理政策并组织实施；审核对外经济合作企业经营资格，对赴外的承包工程、劳务合作、设计咨询项目进行登记备案；承担外派劳务和境外就业人员的权益保护相关工作；依法审核、推进市内企业在境外投资开办企业（金融企业除外）；负责对外直接投资统计工作；归口管理对外援助，负责接受国际多双边无偿援助业务。
（十）口岸管理科（市口岸管理办公室）
拟订和组织实施口岸发展规划和政策；负责航空、铁路、公路、水运口岸（含作业区、特殊监管区等）的申报、建设、验收和管理；指导开辟国际航空、水运航线、铁海联运及公路口岸运输通道、发展口岸物流；推进口岸区域“大通关”合作；协调或仲裁相关部门之间的口岸事务；负责电子口岸的规划、建设工作；负责粤、港、澳直通车指标的申报，分配管理工作。
机关党总支。负责局机关和直属单位的党群工作。
纪检组（监察室）。为市纪委（市监察局）的派驻机构。